一七八八年初，世界上几乎所有的剑士都被那个人打败了，因此世界无法得到安定，严寒，洪水，火灾，饥饿蔓延四方，人们处于苦难之中…… 于是，天明八年，秋，于肥前国的岛原落下的巨大闪电，那惊天动地的声音使岛原附近的地区发生了巨大的变化，从中心的岛原城开始，直至小浜·九千都·深江等临近的村落，变化的范围正渐渐扩大波及着。这个与其邪恶的外表，怨灵的诅咒相对应，“那个人”的声音正传遍这广大的地区，人们将这称为“天草城”，在城中人们相继死去；他们只有一面承受这声音所带来的恐惧，一面等待着拯救着一切的人出现。

这座魔城的主人就是领导岛原、天草农民起义被幕府军所镇压，被烧死后在魔界中修炼了一百年而复苏的天草四郎·时贞。这时的天草已经充满了邪恶的气息，阴狠的表情从他原本十分美貌的脸上传递出来，让人看了不寒而栗。他的目的就是征服全世界，并建立自己心中的理想之乡。

新增加了派生一闪和连斩的怒爆发系统。此外，还增加了14连斩这类系统，出现了多种打击力强大的连续技。

新增人物包括风间苍月和风间火月两兄弟，在侍魂系列中是设计得比较成功的角色，另外，一代中的塔姆塔姆也拿大刀重登战场了...